Projekt "anndataR: Native R access to the standard single-cell data format"

contract award notice

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Dieser Dienstleistungsvertrag betrifft die FOSS-Bibliothek „anndataR“ und umfasst die Arbeiten, die erforderlich sind, um diese R-Implementierung der Bioinformatik-Bibliothek mit der neuesten Ausgabe der Referenzimplementierung in Einklang zu bringen. Zu diesem Zweck muss eine Lückenanalyse durchgeführt werden, um die Abweichungen zwischen der aktuellen Implementierung und der neuesten Ausgabe der Referenzimplementierung zu ermitteln. Anschließend müssen Untersuchungen durchgeführt werden, um die beste Methode zur Implementierung der fehlenden Funktionalität im Rahmen der definierten Möglichkeiten und des Programmierparadigmas der Sprache R sowie ihres Ökosystems aus Bibliotheken und Modulen zu ermitteln. Darüber hinaus sind Forschungs- und Entwurfsarbeiten erforderlich, um Lösungen für verschiedene Probleme und Einschränkungen zu entwickeln, die bereits in der bestehenden Implementierung identifiziert wurden. Dazu werden die von Nutzer*innen eingereichten relevanten Problemberichte untersucht und die vorgeschlagenen Lösungen verglichen, um im jeweiligen Fall die beste auszuwählen und umzusetzen. Zudem erfordert die Optimierung und Verbesserung der Leistung der Bibliothek, die bei jedem Durchlauf riesige Datenmengen verarbeitet, eine Profilierung der resultierenden Implementierung und die Messung ihrer Leistung, um Engpässe zu identifizieren und anschließend Lösungen zu deren Beseitigung zu entwerfen. Schließlich gewährleistet der Entwurf und die Implementierung von CI/CD-Tests die kontinuierliche Gültigkeit und Konformität mit zukünftigen Versionen der Referenzimplementierung. Das übergeordnete Ziel dieser Arbeit ist die Pflege einer Infrastruktur aus FOSS-Komponenten, die zur Nutzung großer Datensätze dient, welche entscheidende Bausteine im Bereich der Bioinformatik darstellen, indem diese hinsichtlich ihrer Funktionen und Leistung stets auf dem neuesten Stand der Technik gehalten wird.

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